Nato a Reggio Emilia l'11 giugno 1957, è professore ordinario di Storia delle istituzioni politiche (SPS/03). Francesco Bonini dal 2014 è Rettore dell’a Libera Università Maria Ss. Assunta (LUMSA).
Ha compiuto gli studi accademici all’Università ed alla Scuola Normale Superiore di Pisa, ove ha ottenuto rispettivamente i diplomi di laurea e di licenza in Lettere (10 novembre 1980) entrambi cum laude. Sempre presso la Scuola Normale Superiore di Pisa si è perfezionato in Storia (12 marzo 1986) e parallelamente ha ottenuto il DEA (4 ottobre 1982) e il dottorato in Science politique all’Institut d’Etudes Politiques di Parigi (9 marzo 1987).
Ha successivamente svolto attività di ricerca collaborando con l’ISAP (Istituto per la Scienza dell’Amministrazione Pubblica di Milano) (1988-90) e presso l'Institut d'Etudes Politiques di Parigi, con un Senior Fellowship NATO - C.N.R (1990).
Dopo avere insegnato (1992-93) come professore a contratto presso l'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano, dal 1° agosto 1993 ha preso servizio come ricercatore, presso l'Università degli Studi di Teramo - Facoltà di Scienze politiche, per il SSD Q01C - Storia delle istituzioni politiche dopo aver vinto il relativo concorso. Professore associato dal 1° marzo 2001, il 1° febbraio 2005 ha preso servizio come professore di prima fascia, SSD SPS/03, sempre all’Università di Teramo - Facoltà di Scienze politiche, dove è stato presidente del Corso di Laurea magistrale in Scienze politiche, internazionali, europee e delle amministrazioni (2005-06) e, dal 2005, direttore del Dipartimento di Storia e Critica della politica, fino al trasferimento (2012). Nel frattempo ha insegnato anche all’Università LUMSA (dal 1997) e alla Sapienza di Roma (2005-2011). Nell’estate 2005 ha compiuto un soggiorno di studio in Canada, con una borsa BREC del governo canadese.
Il 1° marzo 2012 ha preso servizio presso l’Università LUMSA - Dipartimento di Scienze economiche, politiche e Lingue moderne, dove è stato presidente del Corso di Laurea magistrale in Relazioni internazionali, e successivamente presidente del Presidio di Qualità e di prorettore alla Didattica e al Diritto allo studio.
E’ stato docente della Scuola superiore del Ministero dell’Interno ed è stato associato all’Istituto di Studi sui Sistemi Regionali Federali e sulle Autonomie ''Massimo Severo Giannini'' del CNR.
Fa parte della Società italiana per lo Studio della Storia Contemporanea (SISSCo), della Società per gli studi di storia delle istituzioni e dell’International Commission for the History of Representative and Parliamentary Institutions (ICHRPI).
Presidente dell’Editrice Studium e condirettore della rivista omonima, fa parte dei comitati scientifici di "Storia, Amministrazione, Costituzione - Annale ISAP”, “Le carte e la storia”, “Storia e politica”, “Dialoghi” (rivista promossa dall’Azione Cattolica), del comitato direttivo di “Res Publica” e di diverse collane editoriali. E’ componente del comitato scientifico della Fondazione De Gasperi.
Fa parte dell'Accademia Olimpica Nazionale italiana (AONI) ed è socio onorario della Società Italiana di Storia dello Sport (SISS), di cui è stato presidente dal 2018 al 2023.
Tenente in congedo dell’Arma dei Carabinieri, è giornalista pubblicista dal 1990, collabora con diverse testate ed è autore di trasmissioni televisive. All’attività accademica ha sempre accompagnato l’impegno civile. È stato consigliere del Ministro per le Riforme istituzionali del Governo Ciampi, Leopoldo Elia (1993-94). Dal 1997 al 2012 è stato coordinatore scientifico del Servizio Nazionale per il progetto culturale, promosso dalla Conferenza Episcopale Italiana (CEI) ed ha fatto parte del Comitato per il progetto culturale (CEI).
Vicepresidente del Comitato Regionale di coordinamento delle Università del Lazio (CRUL) dal 2015 al 2022, il 17 maggio 2023 è stato eletto vicepresidente della Conferenza dei Rettori delle Università Italiane (CRUI).